1999年5月24日，连山上草、大富、永和、三水等镇因锋面低槽影响，普降大雨到暴雨，洪涝成灾，4个乡镇共20个村8000多人受灾；农作物受灾0.29万亩、成灾0.28万亩；倒塌房屋16间，损坏房屋34间；冲毁坡头32个，水圳缺口621处，河堤缺口3处，冲毁桥梁1座。灾害造成直接经济损失90多万元。
1999年5月26日，连山、连南、连州、清城遭受暴雨、大风袭击，其中连山、连南最大降雨量达130毫米。雷雨大风、山洪暴发共造成31个乡镇、187021人受灾，成灾人口99440人，死亡1人，受伤4人；倒塌房屋205间；农作物受灾4.60万亩、成灾2.95万亩、绝收4350亩；毁坏耕地1260亩；大批通讯、供电、公路等设施被毁坏。灾害造成直接经济损失823万元，其中农业损失739万元。

2000年9月1~2日，英德部分地区受台风影响，降大到暴雨，3个镇17个村委会、12000人受灾，成灾4500人，被洪水围困村庄3个、658人；倒塌房屋109间，其中全倒5户，无家可归24人；受灾农作物1.09万亩、成灾4845亩、绝收750亩；受浸粮食22850公斤，损失粮食9000公斤；冲毁桥梁3座、陂头3个、堤防25米；鱼塘漫顶477亩。灾害造成直接经济损失400多万元，其中农业损失70多万元。
2001年4月20~22日，全市普降大雨到暴雨、局部特大暴雨，山洪暴发，河水上涨，阳山、英德、清城水位超过警戒水位，其中北江清城22日9时水位达13.78米，超警戒水位1.78米。有8县(市、区)共103个乡镇、34.40万人受灾，成灾15.90万人，死亡3人，被洪水围困村庄5个、388人，紧急转移安置388人；农作物受灾16.13万亩、成灾9.92万亩、绝收8235亩；毁坏耕地4155亩；倒塌房屋303间；死亡大牲畜443头。灾害造成直接经济损失4964万元，其中农业损失2346万元。
2001年6月3~13日，连南、连山、清新、清城、飞来峡部分地区降暴雨，共有36个乡镇、1028220人受灾，成灾36888人，伤病3人，被洪水围困村庄3个、448人；无家可归368人；农作物受灾3.18万亩、成灾1.38万亩、绝收690亩；毁坏耕地135亩；倒塌房屋108间，损坏房屋343间；死亡大牲畜7头；部分水利设施、公路桥梁被冲坏。灾害造成直接经济损失746万元，其中农业损失241万元。

2001年6月24日21时至25日凌晨1时，阳山东山乡遭受大暴雨袭击，3小时降雨量135毫米，并刮8~9级大风，造成山洪暴发，4个村委会537户、2958人受灾；损坏房屋409间，倒塌房屋31间，其中全倒6户，死亡1人，无家可归46人；农作物受灾720亩；冲坏公路16.50公里、大小引水渠3.20公里。灾害造成直接经济损失260多万元，其中农业损失110多万元。
2001年7月6~7日，全市大部分地区受台风影响刮6~8级大风，降雨50~62毫米、局部地区100多毫米。7月8日20时，北江水位达13.92米，超警戒水位1.92米。英德、清新、阳山、佛冈、连南和清城共有367360人受灾、229050人成灾，伤病3人；被洪水围困村庄5条、910人，无家可归16人；农作物受灾21.59万亩、成灾15.06万亩、绝收2.54万亩；毁坏耕地45亩；倒塌房屋120间，损坏房屋1200间。灾害造成直接经济损失2493万元，其中农业损失1654万元。
2001年7月17~18日，受南海云团影响，清新局部地区降暴雨到大暴雨，滨江河珠坑水文站洪峰水位25.55米，超警戒水位1.55米。有9个镇(珠坑、龙颈、禾云、南冲、浸潭、三坑、回澜、太平、山塘)5.7万人受灾，3.2万人成灾；受浸房屋68间，损坏房屋25间，倒塌房屋5间；农作物受灾2.57万亩、成灾1.54万亩；毁坏耕地15亩；鱼塘漫顶540亩。灾害造成直接经济损失825万元，其中农业损失658万元。
2001年8月31日20时至9月1日8时，受热带风暴环流影响，清城和清新遭受暴雨、大风袭击，降雨168毫米，清城北江水位12.50米，超警戒水位0.50米。共有21个乡镇57202人受灾，成灾33190人，被洪水围困村庄35个、8112人，失踪1人，受伤2人；倒塌房屋13间，损坏房屋196间；农作物受灾5.94万亩、成灾5.07万亩、绝收690亩，毁坏耕地645亩。

2002年5月21日晚，英德普降大雨到暴雨，连江口、水边、黎溪3镇洪水泛滥、山洪暴发，死亡4人、失踪2人，倒塌房屋86间，全倒1户；受灾7.50万人、成灾4.50万人，轻伤2人，无家可归10人；被困村庄11个，受淹村庄11个；农作物受灾2.48万亩、成灾525亩；死亡大牲畜25头。灾害造成直接经济损失4082万元。
2002年5月21~22日，清新普降大到暴雨，8个镇受到暴雨袭击，受灾5万人，失踪2人；受淹房屋760间，损毁房屋260间，倒塌房屋90间；农作物受灾11060亩；公路受淹1条长50米、塌方11处；河堤决口1处长30米，冲毁陂头43座、水圳12处1325米，损坏电站7宗。灾害造成直接经济损失2200万元。
2002年5月22日0~4时，清新鱼坝镇降雨量达251毫米，中心点达350毫米，洪水泛滥，镇政府受淹2米多深，多条堤围被毁，许多农田被冲浸，2座电站被毁坏。灾害造成农业损失约500万元，直接经济损失共1000万元左右。
2002年7月1~2日，连山、连南、阳山、连州4县(市)受锋面低槽天气系统影响，普降暴雨、特大暴雨，24小时降雨量连山243毫米、连州260毫米，均为有气象记录以来最大一次；连南200多毫米，阳山144毫米。共有62个乡镇、333113人受灾，185113人成灾；死亡12人，无家可归351人；受淹县城1个；毁坏耕地5250亩；倒塌房屋433间，损坏房屋2252间；死亡大牲畜117头；毁坏公路、桥梁、通讯、水利设施等一批。灾害造成直接经济损失21904万元，其中农业损失4989万元。
2002年7月15~21日，部分地区普降大雨到特大暴雨，全市共有143767人受灾，成灾99535人，伤病16人，被洪水围困村庄1条，紧急转移安置1100人；农作物受灾
5.87万亩、成灾4.66万亩、绝收9870亩；毁坏耕地面积1275亩；倒塌房屋181间；死亡大牲畜22头。灾害造成直接经济损失3231万元，其中农业损失1437万元。
2002年7月25~27日，英德、清新、连山等地普降暴雨，导致山洪暴发，受灾44210人、成灾34970人；农作物受灾2.35万亩、成灾1.90万亩、绝收4620万亩；倒塌房屋143间，损坏房屋167间；毁坏堤围1120米、水圳3742米；鱼塘漫顶1140亩；损坏电站5座、其他供电设施一批、公路11.40公里。灾害造成直接经济损失1283万元，其中农业损失594万元。
2002年8月7~11日，受台风槽和切变线影响，全市普降大雨到特大暴雨，24小时降雨量100毫米以上。清城北江10日最高水位达14.06米，超警戒水位2.06米。全市受灾477899人、成灾315449人，伤病105人；被困村庄59个、13102人，无家可归37人，紧急转移安置13902人；农作物受灾26.92万亩、成灾18.63万亩、绝收3.78万亩；毁坏耕地368公顷5520亩；倒塌房屋498间，损坏房屋1036间；死亡大牲畜112头；受损公路、水利、供电等设施一大批。直接经济损失6603万元，其中农业损失4854万元。

2003年5月14~15日，连州普降暴雨，局部地区山洪暴发，有19个乡镇77300人受灾，受灾农作物1.97万亩，其中绝收5475亩；毁坏耕地3000亩；倒塌房屋24间，损坏房屋92间；鱼塘漫顶105亩；毁坏水利设施18处1910米、水电站3座、公路30多公里。灾害造成直接经济损失5693元，其中农业损失432万元。
2003年8月21日，受季风槽(东风波)影响，连州出现大到暴雨、局部特大暴雨。朝天镇部分地区20日22时至21日8时降雨量达202.4毫米，造成山洪暴发，有72个自然村10024人受灾，其中被洪水围困1392人；损坏房屋12间(倒塌6间)；农作物受灾1096亩，毁坏耕地41.7亩，减产粮食234.5吨；鱼塘漫顶68亩；河堤决口18处87.5米，渠道决口31处436米，渠道塌方4处38米，损坏渡槽2座29米；冲毁15千瓦电灌站1座，湖塘电站高压杆受损；被迫停产工矿企业3个。灾害造成直接经济损失130.56万元，其中农林牧渔损失63.24万元、水利设施损失36.53万元、工矿企业损失2.52万元、其他方面损失12.43万元。